初进牛津大学
一七二零年六月廿四日，卫斯理约翰刚刚过了十七岁的生日，就进入牛津大学的基督教会学院CHRIST CHURCH COLLEGE就读。他得到一笔约每年四十镑的奖学金，但这区区的款项却不够他一年的费用。所以他常常觉得非常困窘，不得不举债过日，他的母亲写信鼓励他，并且答应如果家中有余数时，一定寄给他作为补助。这可见他的父母确实作了很大的牺牲，因为他们也是时刻在忍受贫穷的痛苦。卫斯理约翰的身体并不很健康，而且近视，但是他仍然努力读书求学，且得到别人的称赞与尊敬。到了廿一岁，他已是一位有名的学者。当时他深感兴趣的课程是逻辑学、古典文学、诗歌及外国语文等。他不但是一个杰出的学者，而且天生有一种愉快的性格，喜谈论，善幽默，师友们都喜欢与他接近交谈。
与校工的对话
虽然他在学术上有杰出的表现，但在宗教生活上却是到了一个低潮的时期。他仍然过着有规律的灵修生活，祷告、读经，并且阅读灵修书籍及圣经注释等。然而，他深觉自己在宗教信仰上并没有根基，内心空虚得很。
在一个深夜，他偶然与学院的一个校工交谈。谈了几句，卫斯理约翰发现那个校工在寒冷的天气里只穿着一件衣服，生活一贫如洗，而且常常忍受饥饿。虽然如此，他时刻表现出感恩的态度与喜乐的精神，口中不断的发出赞美感谢的话语。卫斯理约翰觉得讶异，就问他说：“你没有衣服穿，也没有东西吃，更没有安卧之处，却向上帝感谢。你到底为着什么来感谢上帝呢？”
那人回答：“我感谢上帝，因他赐给我生命，并赐我一颗爱他的心，和愿意为他服务的志愿。”
这几句话深深感动了卫斯理约翰，他知道自己还没有体会到这一种属灵的经验。因此，他立志追求属灵上的长进，在祷告方面下功夫，追求内心的圣洁；另一方面，注重自己的一言一行，在日常生活中严格地训练自己。
立志献身教牧工作
在一七二五年初，卫斯理约翰决心献身于教牧工作。他将这一个心愿写信向父母说明，并且徵求他们的意见。两个老人家大为欢喜，并且鼓励他必须有纯正的动机，不要以牧职当做职业，或解决生活的途径。他们希望他能成为一个为“荣耀上帝，服务教会”而献身的牧师。那时他读了一些著名的灵修书籍，其中两本对他有极大的影响，一是THOMAS KEMPIS 的“IMITATION OF CHRIST”《效法基督》，以及TAYLOR 的“HOLY LIVING AND DYING”。从这两本书中，他觉悟到“真正的宗教应从心里开始，上帝的话不但要管理我们的言语和行为，也要管辖我们的思想。”以后，他用更多的时间追求生命的长进，他更爱惜光阴，每逢主日不间断地参加教会的事奉。他的目的乃是荣耀上帝以及服务教会。
一七二五年九月廿五日，卫斯理约翰在牛津被主教波特博士（DR.POTTER）按立为会吏。二年后，在基督名下正式被按立为圣公会的牧师。以后他喜欢提到当年波特博士劝导他的一段话：“如果你希望将来成为有用之材，就得避免浪费时间及精力与人作无谓的争辩，却须集中力量，攻击一切明显的罪恶，并促进真实的圣洁生活。”
林肯学院院士的生活
一七二六年，廿三岁的卫斯理约翰被选为牛津林肯学院院士，这院士的头衔在当时是非常崇高的。那时他父亲知道了这消息，十分高兴，特地写了一封信向他道贺。 这一封信开头便称呼自己的儿子“亲爱的院士先生”。当时父亲体弱多病，且债台高筑，境况并不如意，但却筹到十二英镑寄给卫斯理约翰。在信中，他这样说：“不管我的前途会有多少困难，我却有一个院士儿子！”
当选为院士之后，卫斯理约翰可以得到一定的补助金。这时他的生活虽然充裕，但是他却相当的节省，只用少部分的金钱，其余的都用在施舍救济上。卫斯理约翰当选了院士之后，他在林肯学院曾任逻辑学、哲学、及希腊文讲师，前后长达七、八年。这时他在牛津学者群中名望甚隆，尤其是他在逻辑学问题的演讲，最受学生们的欢迎。
一七二七年二月，他又考获文学硕士学位。同年八月他向学院当局请假，回到父亲的教会服务。那时他的父亲已经六十五岁了，同时母亲又体弱多病，所以他愿意侍奉父母以尽他的孝心。当时，他的父亲除了负责厄普卧镇的教会工作外，还负责洛德（WROOTE）地方的小教会。故此，他让卫斯理约翰住在洛德。在洛德两年，卫斯理约翰努力工作，勤于证道。从各方面来看，他都是一个能干的牧者，可是他自己并不满足这一段时间的工作。在以后的自述中，他说：“我虽然勤于证道，但并未结出果实；我 既未传悔改及信靠的道理，又怎能希望见到果实呢？”
在这一段院士的生活中，卫斯理约翰觉得他过去的一些朋友，并不能帮助他，特别在信仰生活这一方面。所以他决定在林肯学院任职时，凡是与他的理想和宗教信仰观念不相同者，他都不愿与他们为友。他对一切来访的人都非常谦恭有礼，然而他却只与那些热诚事奉上帝、服务教会以及努力培养灵性生活的人来往。他也立下一个计划，严格地研究许多书籍，并且每天劳苦的工作。他也觉得自己睡眠的时间太多，所以拿定注意，每天早晨四点正起身，借着灵修与上帝灵交。他保持这个习惯直到逝世