六、主泽流长（1984年至2011年）
1984年8月27日，诗巫教区成立治丧服务委员会，为会友处理丧葬之事。英语崇拜始于1954年，现在福源堂开始。1984年11月18日，英语堂会卫斯理堂落成，而古晋之英语崇拜亦在晋福堂发端，随继在黄土路晋光堂旧址上成立三一堂。
1986年5月，夏长华移民澳洲，看见华人青年赴澳升学众多，再者，砂州卫理公会会友也逐年加赠，于是加以关怀，亦进行布道工作。1987年夏长华于澳洲神恩堂被按立为牧师，遂于1988年10月17日来函本年议会请求配搭。1989年，本会宣教部给予夏牧师生活津贴每月一千令吉，由是本会与澳洲卫理公会正式配搭。
1987年道声剧团成立，由许世韬任首任会长。随后一年的4月6日全马卫理公会五个年议会假诗巫福源堂举行教会自治廿周年。
1988年呢月24日为本会历史中特殊的日子，即本州立法议会于当天通过接纳教会修正法案，本州卫理公会不再视之为“外国团体”或“外国传教团体”，且是正规和合法的本地自治宗教组织。此修正法案是由西段区立委拿督丁永勉向立法议会提呈。
同年，朱新进牧师当选会长，而第四届总议会中达顿当选会督。
1989年9月18日加帛木山常恩堂落成，为木山工人传播救恩。卫理神学院董事主席姚炳华偕同林忠诲牧师，周永生牧师和朱新进牧师于3月间两度与马神协商，结果同意后办道学与神学学位首二年课程，其余二年须在马神完成。翌年，三一神学院也采用类似策略与卫神中文部联办神学课程。
1990年，周永生牧师派往澳洲事奉；3月中旬向教育部申办毕理工艺学院。九月间成立沙巴宣教年议会，委萧招和为沙巴监理。11月1日假卫斯理堂举行锡安函授学校卅周年感恩礼拜。翌日假新福源堂举行设教九十周年感恩礼拜。
1991年5月25日-28日假诗巫新福源堂举办东马卫理大会。
1992年6月22至27日砂州华福区委员在诗巫爱莲街福源堂举行福音2000年研讨会，王永信牧师为主题讲员，李健安牧师支持查经。
10月26日，堂皇壮观的年会卫理大厦在达顿会督主持奉献礼中正式启用。同时拟以兴建意见残障中心。是年底，朱新进牧师再任年会会长。
1993年6月砂沙两地举行孙大程布道大会。同年亦在新福源堂举行首届乐龄营，由三一神学院讲师李宗高牧师担任讲员，是年美里牧区划分为民都鲁教区及美里教区。
1994年自新加坡引进门徒课程装备装备门徒，充实生命。同年分别有Dr.Peter Grave主讲“卫斯理约翰的教导及讲道和教会之发展”及唐佑之负责的“解经大会”。
1996年4月16日至26日全砂举行唐崇荣布道大会。同年年会布道部引进三福事工训练促进布道培训工作。卫理神学院亦于是年复办四年神学课程。在总议会之选举中，朱新进牧师当选会督，同时，陈泽崇牧师当选第五任会长。
1997年年议会宣布成立残障中心，由郑仁彬医生任主席，着手进行安排关注弱势肢体，并训练专人给予服务。年会期间差派张燕牧师为柬埔寨宣教士。
1998年开始推行福音2000运动，其目标为万人洗礼归主；千人禁食祷告；百人全职事奉；十年海外宣教及每人读经一遍。
同时，泗里奎两间堂会因距离相近，人数减少，经年会议决后，沐灵堂及沐恩堂合并为合一堂。同年4月卫理报以双周刊形式出版。12月7日卫理神学院行政大楼落成暨奉献礼，为神学院立下里程碑。
1999年始，教会生命册拟全面电脑化。1999年12月31日晚上，全砂各地按牧区举行“贺祂为王”赞美晚会，以迎接新千年之来临，也拉开设教百周年纪念庆典的序幕。
2000年开始筹备砂拉越卫理公会设教百周年庆典。5月间假卫理神学院举行首届卫斯理神学研讨会，由Dr.Clapper主讲。7月3日陈泽崇会长为诗巫乌也路23哩的“百周年纪念公园”动土祝祷。占地七依甲的纪念园是由张杭夫妇捐献。12月4日假福源堂举行百周年感恩纪念礼拜，随后设宴百席暨晚会于诗巫民众会堂，济济一堂以念主恩，州省长等政府长官共襄盛举。
2001年，泗里奎万福堂和达德堂合并为万福达德堂。同时成立历史文献部，以为教会历史保存资料和文献，由廖玉强牧师任主席。同年11月17日历史文献部和文字事业部合办砂拉越华人卫理公会设教百周年研讨会，主题为《相遇。相处》，亦尝试邀请教外人士担任讲员。
2002年教区重新划分成为8个教区。
2003年沙巴宣教议会申请成为沙巴临时年议会。同年於3月28日庆祝富雅各教士抵砂百周年纪念会，并在新珠山伊干河口的一块地举行富雅各纪念园动土礼。
2004年华勇牧师担任总议会第六任会督，苏慈安牧师则当选年会第六任会长。2004年7月1日 美里福儿院成立。
2005年积极推动教会发展蓝图。“蓝图168“是属于整个教会的，既是一个主题，六个功能及八大事工。堂会按照年会的需要和指示，加强配搭。靠着上帝的引领和能力，我们建立一间“教导的教会“。同年於下坡成立关心出狱者中心，命名为“凯胜之家“。
2005年6月11日美里卫理希望之家正式开始早期介入课的服务。特别协助6岁以下智力发展缓慢，学习困难的儿童发挥其所有的潜能。
2006年4月21日卫理报举行创刊55周年感恩礼拜，同时推介卫理周报的正式出版。11月28日位于乌也路32哩的百周年纪念园开幕。与其同时，也成立门徒训练中心。
2006年资讯传播部开始青春俱乐部网络电台及真光电台，透过网络福音电台乃要服侍众教会与弟兄姐妹。
2006年7月年会会友事工部开始编写顶峰门徒课程.
2007年11月13日位于诗巫阿曼路，由张道赏父子奉献土地的青少年中心落成。同年3月推介顶峰门徒课程。
2008年5月17日古晋教区成立卫理高尔夫球员团契。团契宗旨：“以球会友，为主打球“。
2008年3月蒙丹斯里张晓卿家族奉献位于诗巫青少年中心隔邻的二依甲地供本会使用，并已决定在此兴建年议会总会办事处。同年8月9日分别 在各牧区庆祝卫理公会自治40周年庆典(1968-2008)。同年，华勇牧师蝉联为总议会第七任会督，苏慈安牧师则再当选年会第七任会长。
2009年至2012年主题为宣扬圣经圣洁、更新转化国家。
2009年年会宣教部与世界循道卫理宗华人教会联会（WFCMC)配搭接纳英国和越南为本会宣教工场。同年，年议会执行部也成立人力资源小组统一制定聘请员工的政策。
2009年9月25日幸福家庭与辅导部在民都鲁举行了希望中心启用奉献典礼，开始了一个全新的中心，在民都鲁区提供辅导服务。
2009年也成立东马教育理事会，由沙巴、砂拉越华人及伊班年议会各派二名组成，为个年议会属下教育机构争取权益。
2009年8月16日福源堂之富雅各纪念走廊落成。
2010年木桂兰户外活动中心落成。
2010年2月28日由会长拿督苏慈安牧师主持卫理文物展览馆启用礼。
2010年6月11日卫理福儿院60周年感恩庆典。
2010年年会乐龄团契于4/9/2010职员会议中，通过接收筹备“乐龄学习中心“，决定於2011年二月在诗巫开办教学。
古晋教区设立洗肾中心，希望把基督的爱与关怀带给肾病患者。同年，古晋教区也议决将古晋划分东、西教区，由两个教区长带领着教区同工，更周详地策划扩展晋汉省福音事工。
2010年会友人数（CURRENT MEMBERSHIP）：92,581
堂会（local churches & preaching centers）：124间
牧师传道（pastoral Staff）：168位
海外宣教士 Missionaries: 28 位
年会部门 (Boards)：23个
2011年起(Districts)：9个教区